Kompetencecenteret er en afdeling på Samsø Skole, der tilbyder specialundervisning og anden specialpædagogisk bistand til elever, hvis udvikling kræver særlig hensyntagen eller støtte. Kompetencecenteret er et undervisningstilbud, og eleverne undervises i folkeskolens fag.

Fælles for eleverne i Kompetencecenteret er, at de har brug for forudsigelighed, en struktureret skoledag og tydelige rammer og forventninger. Elevernes sociale læring og personlige udvikling er en naturlig og integreret del af den faglige undervisning.

I Kompetencecenteret er der tre forskellige undervisningstilbud:

• Undervisning i Centerklassen (også kaldet CK) som er en specialklasse, der har til huse i den nordligste bygning på Samsø Skole. Eleverne i Centerklassen undervises i mindre grupper på tværs af årgange, alt efter funktionsniveau. 
• Undervisning i almenklassen
• Kombineret tilbud hvor eleven modtager undervisning i både almenklassen og Centerklassen.

Underviserne i Kompetencecentret har et anerkendende og ressourcefokuseret børnesyn, og de samarbejder tæt med forældre, skolens andre afdelinger, PPR og Familieafdelingen.

Det er skolelederen og forvaltningschef for Børn- unge- og kulturforvaltningen, der visiterer elever til Kompetencecenteret. Visitationen foretages på baggrund af en Pædagogisk Psykologisk Vurdering udarbejdet af PPR.

Elever i Kompetencecenteret revisiteres en gang om året, hvor der tages stilling til om undervisningstilbuddet skal fortsætte, ændres eller ophøre.